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 海上保安庁<第十一管区海上保安本部<石垣 海上保安部は、石垣航空基地と合わせて国境の尖閣諸島を含む広い海域を担当する。 ライブカメラによる海域状況・灯台風向風速情報などの有益情報も提供。

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 環境省自然環境局・国際サンゴ礁研究・モニタリングセンターは、1993年日米コモン・アジェンダ地球的展望に立った協力のための 共通課題(外務省HP)がきっかけとなり、2000年東アジア・サンゴ礁保全の拠点として石垣島に設立。2014年サーバー・ウイルス感染により閉鎖、復活未定。

 八重山漁業協同組合は、沖縄県下最大・約500人の組合員が所属する大きな組織。
〒907-0024 沖縄県石垣市新栄町83番地 (代)Tel 0980-82-2448 Fax 0980-82-4304

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 2002年より「ダイビングフェスタ石垣」を開催、2016年12月78業者。


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 NPO法人日本ウミガメ協議会の黒島にある「八重山海中公園センター」 は、2004年「黒島研究所」に名称変更。前八重山海中公園センターは、沖縄復帰翌年1973年(株)名古屋鉄道出資、 (財)海中公園センターが設立され、以後石西礁湖20年間のサンゴ礁モニタリングを継続。2002年解散を期に日本ウミガメ協議会が引継ぐ。

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 パンダマークでお馴染みの世界最大の自然保護組織日本支部の2000年完成した白保・青サンゴ保全と研究拠点。

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美 ら海・美ら山募金推進協議会
 エリーニ・ユネスコ協会「沖縄石垣 島  珊瑚保護活動について」に連携、 社団法人石垣市観光協会が中心となった協議会組織「美ら海・美ら山募金協議会」、旅行者向けの募金活動を開始している。

沖縄クリーンコーストネットワーク
 青い海、白い砂浜など沖縄の豊かな自然を守りたいと願う人たち (行政、各種法人、ボランティア団体、マリンレジャー団体等)のネットワーク。メンバーが会則・規約に拘束されることなく、(もちろん会費もな し)、自由に活動でき、情報の共有など効果的な活動のため、緩やかに連携する ことを目指す。県下一斉海浜清掃「まるごと沖縄クリーンビーチ」をOCCN設立2002年より開催。

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NPO法人 沖縄O.C.E.A.N.
 毎年9月に行われている 「世界ビーチクリーンアップデー」の一環として、県下一斉海浜清掃「沖縄クリーンアップゆいまーる」を行う。
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